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塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现微孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。所选用菌材树龄以5-20年为宜，于农历9月落叶后至翌年2月抽枝前砍伐，削平树钉截成15厘米长，装入26厘米x50厘米X0.05毫米的灵芝专用栽培袋中，注意不要让木质纤维扎穿袋子，以免造成后期污染。
入土排场管理场地选择背风、水源好、日照短的场所，搭好遮阴棚，高度要求2米以上，阴度要求五分阴五分阳，四周开排水沟，中间开厢，厢宽2.5米，长不限，厢与厢之间留30厘米人行道，把移到芝场已长好的筒料外袋撕掉，并排紧靠人行道两旁，然后用地膜覆盖防雨，在地膜上撒上细土，以不见地膜为宜，4~5天后扒开细土，撕开地膜，观察菌丝已恢复，并且相互连接时，即可把地膜全部取走，盖上细土，土高出筒料2厘米，上面撒上树枝、树叶等，此后经常喷水保湿，当气温升至18~24°C时会大量现蕾，此时可根据需要，摘除太密的菌蕾，以防灵芝开伞时形成连体芝。如需要制作特大灵芝，可加厚覆土，在需要长芝的地方让菌筒小面积裸露，用草木灰水喷洒这个部位，进行定点刺激、定点出菇，如在这个部分出现多个芝柄，即可以除小留大，选无虫害的一个芝柄。制作一个特大灵芝需要做好预算：“长脚紫芝07-6”每百公斤柴种一年可产五年，年可产1公斤干品，第二年可产2公斤干品，第三年可产1.5公斤干品，第四年可产1公斤干品，第五年可产0.5公斤干品。如果想入土当年制作一个5公斤重的灵芝，则一定要放足500公斤菌材。如果想制作更大的灵芝，那么就要考虑配方上的生物素的加足量。灵芝是，所以整个制作过程中不能用多菌灵、敌敌畏等含硫物质。如果灵芝出现害虫，可用紫外线灯于夜间灭杀，每晚灭杀4个小时即可，每50平方米放上一支紫外线灯。如菌体上已经出现害虫，那就只能用手工捉杀，或摘除出售。
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